非小细胞肺癌（NSCLC）中的不同驱动基因突变往往被视为“互斥事件”，即患者肿瘤仅有一种驱动基因突变占主导地位、被视为主要治疗靶点，但近年来随着先进测序普及，已有研究显示部分患者可能同时携带多个可靶向驱动基因突变，且与传统意义上的“伴随突变”不尽相同，其临床意义亟待进一步明确。近日，加拿大临床研究者在European Journal of Cancer期刊发表了一项大规模真实世界研究结果，通过对近300例携带“共存驱动突变”NSCLC患者的分析，反映了此类患者的流行病学特点和共存驱动突变临床意义，可为后续临床精准管理和治疗策略研发提供参考和借鉴，本文将对该研究结果进行简要解读。
编者按：非小细胞肺癌（NSCLC）中的不同驱动基因突变往往被视为“互斥事件”，即患者肿瘤仅有一种驱动基因突变占主导地位、被视为主要治疗靶点，但近年来随着先进测序普及，已有研究显示部分患者可能同时携带多个可靶向驱动基因突变，且与传统意义上的“伴随突变”不尽相同，其临床意义亟待进一步明确。近日，加拿大临床研究者在European Journal of Cancer期刊发表了一项大规模真实世界研究结果，通过对近300例携带“共存驱动突变”NSCLC患者的分析，反映了此类患者的流行病学特点和共存驱动突变临床意义，可为后续临床精准管理和治疗策略研发提供参考和借鉴，本文将对该研究结果进行简要解读。
研究背景
由于非小细胞肺癌（NSCLC）往往具有特定肿瘤驱动突变，基于二代测序（NGS）的分子分型已成为临床管理的标准，推动了针对EGFR、KRAS G12C等主要驱动变异的靶向药物进入临床，但靶向药物疗效常因非靶向的旁路信号通路激活而受限，相较于TP53、CDKN2A等常见的抑癌基因共突变，多个核心驱动基因突变共存则属于罕见事件。
因此在临床实践中，常规检测极少考虑共存驱动突变的情况，导致关于共存驱动突变的发生率和临床意义数据仍然非常有限。本研究旨在通过分析真实世界中较大样本NSCLC患者的突变谱与临床数据，全面探索共存驱动突变的流行病学特征、克隆异质性层级以及特定的共突变组合（如EGFR+KRAS、KRAS+PIK3CA）对患者生存结局和靶向用药决策带来的实际影响。
研究设计
研究患者
本研究依托加拿大哈利法克斯伊丽莎白女王二世（QEII）健康科学中心开展，纳入在该中心2016年1月至2021年12月期间进行NSCLC分子分型评估的患者，并补充截至2024年12月来自QEII肺癌数据库及组织库的共存驱动突变数据。所有患者均接受符合国家指南的标准治疗方案。研究从肺部生物样本库数据库、病理报告及病历中提取患者的人口学与临床病理数据。
分子数据与克隆演化分析
研究从QEII肺癌数据库中调取了临床报告的驱动基因分子数据。通过Illumina TruSight Tumor 15测定法获取的数据用于突变频率分析，检测的驱动基因包括AKT1、BRAF、EGFR、HER2、KRAS、MET、NRAS和PIK3CA；对经免疫组化（IHC）检测出的ALK和ROS1阳性或疑似者，采用原位荧光杂交（FISH）法进行确认。此外，利用Ampliseq for Illumina Focus Panel的临床报告数据补充获取共存驱动突变信息，以筛选并分析共存驱动突变病例。研究使用OncoKB人遗传变异数据库（数据截至2026年5月15日）来识别可靶向突变，仅将1级突变（即已有FDA批准靶向疗法）的基因变异纳入可靶向性分析。
为分析肿瘤克隆多样性，研究使用R 4.5.1软件结合共存驱动突变及其等位基因频率（AF）进行研判：基于各样本AF模式的层次聚类识别出提示亚克隆的突变簇，并利用igraph构建克隆祖先图，将亚克隆视作节点，其演化关系视作由AF层级推导出的有向边；最后，使用fishplot包生成鱼骨图（fish plots）来直观呈现肿瘤亚克隆的演化动态，并通过汇总所有肿瘤的父/子边来构建队列水平的共识树，以展示典型突变事件的层级顺序（主干>亚克隆>次级亚克隆）。
研究终点与统计分析
研究采用Windows版GraphPad Prism 8、R及Excel进行数据分析与可视化。所有假设检验均为双侧检验，p值小于0.05为具有统计学显著性。生存数据采用Kaplan-Meier法进行分析和绘图。危害比（HR）基于对数秩（logrank）方法计算并给出95%置信区间（CI）。无进展生存期（PFS）定义为术后至确认复发、疾病进展或患者死亡的时间。为监测早期病例的疾病进展情况，术后2年内每隔6个月进行一次随访影像学检查，从第3年起每年检查一次直至满5年（在未发现进展的情况下）。
研究结果
患者特征与驱动突变
研究共分析了5420例病理确诊的NSCLC病例，含3020例女性（55.7%）和2400例男性（44.3%）；KRAS突变（37.36%）是最常见的驱动突变，其次是EGFR（10.83%），其它驱动变异（如AKT1、MET和ROS1）发生频率较低，近42%的病例未检测到所评估基因的突变。性别特异性分析显示，女性患者的突变检出率高于男性：在女性中，64.6%（1950/3020）的肿瘤检测出至少一种驱动变异，而男性为49.7%（1192/2400），其中41.6%的女性和约32%的男性携带KRAS突变，12.8%的女性和8.3%的男性携带EGFR突变。
共存驱动突变在NSCLC中的发生情况
研究共检出3.9%患者肿瘤（212/5420）存在多个驱动突变，并补充QEII组织样本库在2022年1月至2024年12月间测序确定的86例多驱动变异肿瘤，最终共纳入298例共存驱动突变肿瘤进行深入分析，在279例（93.6%）中鉴定出共存驱动突变，包括2例合并两个驱动基因突变及一个拷贝数变异（CNV）的病例，另有15例为单基因驱动突变伴有另一基因CNV，2例为双基因驱动突变合并双基因CNV，2例仅为双基因CNV而不合并驱动突变。
△患者驱动基因突变分布情况
共存驱动突变的发生率同样存在性别差异，女性占65%，男性占35%，女性患者中涉及ALK、EGFR、HER2、KRAS或PIK3CA的共存驱动突变比例较高，而男性患者中涉及BRAF或MET的比例较高。共存驱动突变最多见于KRAS突变患者（67.4%），其次为PIK3CA（55.9%）和EGFR（34%，95/279），常见组合包括：EGFR+KRAS共突变41例，EGFR+PIK3CA共突变37例，EGFR+HER2共突变12例。
在有共存驱动突变的KRAS突变患者中，86.7%（163/188）同时合并KRAS G12X突变；PIK3CA突变最常与KRAS突变共存，发生率为35.1%（98/279），另有3.9%（11/279）患者携带涉及KRAS、AKT1、BRAF、EGFR、HER2或PIK3CA的三重驱动突变。在伴随KRAS突变的人群中，KRAS+BRAF、KRAS+NRAS、KRAS+HER2突变分别有24例、8例和11例。经典EGFR突变（Del19/L858R）与KRAS突变的共存率仅有22%（9/41），其余78%（32/41）均为非经典EGFR突变。在分期明确的患者中，EGFR+KRAS G12X突变见于早期（I/II期，15例）和晚期病例（III/IV期，7例）。
在198例有吸烟史记录的共存驱动突变患者中，从不吸烟者占11.6%，有吸烟史者占88.4%，与既往研究所报道的驱动基因突变阳性人群状况（从不吸烟11.2%，有吸烟史88.8%）相当。
共存驱动突变的可靶向性
在279例共存驱动突变病例中，160例（57.3%）含有至少一个1级可靶向驱动突变，其中18例（6.4%）同时含有两个1级可靶向驱动突变，例如在KRAS G12X共存突变中，超1/3（40.5%，66/163）为当前已有靶向药可用的KRAS G12C突变。在与其它驱动突变共存的EGFR突变中，76.8%（73/95）为1级可靶向突变，其中24例为L858R突变，17例为Del19。
多基因突变队列中，许多可靶向EGFR突变伴随PIK3CA突变（33例），且绝大多数L858R（17/24）及Del19突变（10/17）在各期病变中均与PIK3CA突变共存；多达51.5%（34/66）的KRAS G12C共突变也合并PIK3CA突变。41例EGFR+KRAS突变肿瘤中，有28例为1级EGFR激活突变；8例患者同时携带EGFR和KRAS可靶向突变，其中1例合并EGFR T790M（新发）、KRAS G12C可靶向突变及PIK3CA E542K突变，未见其它EGFR变异，另有5例合并可靶向KRAS G12C和非可靶向EGFR突变。其余可靶向双突变组合包括EGFR+HER2（3例）、HER2+KRAS（2例）和BRAF+KRAS（2例）；ALK+EGFR、BRAF+EGFR和ALK+KRAS组合各1例。
双重可靶向突变在早期（I/II期，8例）和晚期（III/IV期，7例）患者中均存在，但无一例患者携带三种共存的1级可靶向突变。在早期患者中，有2例I期患者为EGFR S768I+KRAS G12C突变，4例I期患者为EGFR L858R+KRAS G12X突变，3例EGFR+HER2可靶向突变中也有2例为I期。3例微浸润腺癌（pT1miN0）被发现携带有临床显著意义的突变组合：HER2 V842I+EGFR Del19、EGFR 20号外显子缺失/插入+KRAS G12R、EGFR Del19+KRAS G12D突变。
在分期明确的50例可靶向EGFR伴随突变患者中，28例为I/II期，22例为III/IV期。在46例KRAS G12C伴随驱动突变病例中，29例为I/II期，17例为III/IV期。在7例共存突变的MET变异中，2例为14号外显子跳跃突变，其余为点突变或缺失。在52例共存突变BRAF变异中，17例为V600E突变，其余为非V600E变异；携带可靶向BRAF V600E伴随突变的患者中，大多数（11/16）为III/IV期。
克隆性与克隆演化
在大多数可获取等位基因频率（AF）数据的肿瘤中，均存在一个AF明显最高的驱动基因突变，而在118例已知AF的肿瘤中，13例（11%）共存驱动突变的AF相近（相同或差异在±10%以内），提示可能存在共存克隆或单个克隆同时携带多个驱动突变，此模式见于BRAF（3/21，14%）、KRAS（8/60，13%）和EGFR（3/38，8%）突变队列。当KRAS与EGFR突变共存时，50%（10/20）表现为EGFR克隆主导，45%表现为KRAS克隆主导，5%的AF相同。
对118例肿瘤的克隆演化共识分析显示，KRAS（尤其是G12X）、EGFR（L858R及Del19）和PIK3CA（E545K、E542K、R524K、H1047R）突变是肿瘤发生过程中的主要驱动突变。克隆层级分析表明，KRAS、EGFR和BRAF是队列中的主要起始驱动（主干），而PIK3CA多为次级事件（分支）；HER2表现出介于主干与分支之间的过渡角色，而其它驱动突变（NRAS、AKT1、IDH1、MAP2K1、CTNNB1、MET、MTOR、RAF1）通常作为次级事件零星出现，且多属罕见或次要突变亚型。其中，克隆性分析中的MET变异均代表罕见或次要的MET点突变。这一全景既反映了朝向共同致癌热点的趋同演化，也反映了通过患者特异性罕见变异实现的趋异演化。
生存结局分析
研究针对主要驱动突变基因KRAS、EGFR及与之共存驱动基因突变的病例进行了生存分析，与单个驱动突变患者相比，有共存驱动突变患者的生存结局较差，且在早期和晚期患者中结论大体均成立。在晚期患者中，约75%的EGFR单突变患者和67%的EGFR+PIK3CA突变患者接受了靶向治疗，而KRAS单突变、EGFR+KRAS共存突变或KRAS+PIK3CA共存突变患者未接受任何靶向治疗。在早期和晚期患者中，EGFR+KRAS共存突变患者的中位PFS和OS均显著短于EGFR或KRAS单突变患者。
相比之下，PIK3CA与EGFR或KRAS的共突变对早期患者预后无显著影响，但在晚期患者中，EGFR+PIK3CA或KRAS+PIK3CA组合均导致患者PFS和OS较单突变显著缩短。排除非经典EGFR突变，仅分析EGFR Del19/L858R）患者时，共存突变患者的预后依然显著差于单个驱动突变患者，总体趋势与包含非经典突变的全队列一致；但无论单突变还是共存突变，经典EGFR突变患者在晚期阶段的中位PFS和OS均比包含非经典突变的人群更长。
△不同共存驱动突变患者的实际生存预后
讨论
本研究系统评估了NSCLC中共存驱动突变的流行病学、克隆演化及生存结局，发现EGFR、KRAS和BRAF等驱动基因突变通常被认为互斥，但在部分肿瘤中事实上可以共存，且主要富集于MAPK和PI3K通路。其中，EGFR+KRAS共存突变由于多有非经典EGFR突变参与，会削弱靶向药疗效并介导耐药，导致早期和晚期患者的中位PFS和OS均较单突变显著缩短。
克隆演化分析显示，肿瘤呈现出趋同与趋异演化并存的特征，其中KRAS、EGFR和BRAF为主要起始驱动，而PIK3CA多为次级事件。这种影响具有分期特异性，即在早期阶段PIK3CA共突变不影响生存；而在晚期阶段PIK3CA共突变可作为旁路机制维持信号传导，与主要驱动突变协同促进侵袭表型，导致患者预后较差，且共存突变导致的肿瘤内异质性也会影响单一靶向药治疗的疗效，是临床患者预后差、易耐药的关键。
总之，NSCLC中多个驱动突变共存虽较罕见但临床意义明确，显著影响患者预后。随着大Panel NGS检测的广泛应用，临床应推广全面分子谱检测，开展多中心前瞻性临床试验，阐明早期患者的突变多样性与克隆演化规律，以探索能克服耐药的多模态序贯治疗策略。
▌参考文献：
Shah R, Pathak GP, Fris J et al. Coexisting driver alterations in non-small cell lung cancer: Prevalence, clonal architecture, and impact on survival and progression. Eur J Cancer. 2026; 245.